目前，洁净技术已广泛应用于各行各业或其他要求防止粒子污染、微生物污染的环境控制。药品是用于预防、治疗疾病和恢复、调整机体功能的特殊商品，它的质量直接关系到人的健康和安危。如果一些药品在制造过程中受到微生物、尘粒等污染或交叉污染，可能会产生预料不到的疾病和危害。

而在医学中，多采用生物洁净室进行微生物污染控制。在生物洁净室里，这些微生物多由细菌和真菌组成，粒径尺寸在0.2um以上，常见的细菌粒径都在0.5um以上，并且多数依附在其他物质微粒上。生物污染渠道不仅通过空气，还与人体、与操作人员的服装有关。在医学研究领域中，生物实验室、无菌实验室以及供生物化学、医学实验用的“特殊饲养动物”饲养室也都十分需要控制微生物污染。在食品工厂的生产过程中，设施的严格管理是确保食品的安全卫生，防止发生由于病原大肠菌、沙门氏菌造成的食品中毒或饮料中混入霉菌等的重要手段。20世纪90年代至今，WHO及一些发达国家引入HACCP（危害分析重点控制点）系统，制定了利用卫生管理生产过程的食品生产承认制度。